制度經(jīng)濟學被認為是一個相對獨立的理論學派，他們認同制度在經(jīng)濟學研究中的重要作用，甚至認為制度是經(jīng)濟學研究中值得思考的基本問題。因此，該學派的觀點與諸如政治學、社會學以及歷史學等理論觀點截然不同，這些學科認為經(jīng)濟學不需要考慮制度因素的相關理論，制度分析應歸類于其他學科。
　　在幾乎整個19世紀，英國古典學派占據(jù)主導地位，盡管它對經(jīng)濟制度中的所有權研究非常感興趣，認為它是界定階級結(jié)構(gòu)或者決定政府法律范圍的依據(jù)，但是，與第一次將制度分析引入經(jīng)濟學的傳統(tǒng)古典學派相比，二者并不相容。德國歷史學派和美國制度主義的思想，在19世紀末和20世紀前三十年有著相當大的國際影響，尤其是在美國，制度主義對學術界和羅斯福新政都具有強烈的吸引力。然而，從源頭上看，奧地利學派在與歷史學派的長期辯論中拓展了制度分析維度。從20世紀40年代開始，起源于美國的新古典運動取得了無可爭議的國際霸主地位。然而，事實上新古典主義擯棄了制度主義分析方法。在新古典主義看來，經(jīng)濟學的中心議題是市場，各種分析集中于理性行為、最優(yōu)化和利己個體之間的均衡，并十分關注效率問題。制度分析和經(jīng)濟發(fā)展過程中的歷史分析下降到最低程度，甚至被完全忽略。盡管對制度問題的關注仍繼續(xù)出現(xiàn)在諸多分支學科中，如勞動經(jīng)濟學、產(chǎn)業(yè)組織、大企業(yè)分析以及發(fā)展經(jīng)濟學，但是毫不夸張地說，20世紀下半葉經(jīng)濟學主流學派幾乎完全有意識地忽略了制度分析。
　　在20世紀最后二十年，不同經(jīng)濟學派之間復雜的關系逐漸發(fā)生了變化（霍奇遜，1994）。一個充滿生命力的，具有新古典傳統(tǒng)特點的“新制度經(jīng)濟學”學派在美國誕生。該學派與早期的主流學派不同，它十分強調(diào)制度的重要性，例如，它強調(diào)產(chǎn)權制度、市場的治理模式和企業(yè)等級制度等。與此同時，最初的制度經(jīng)濟學派（舊制度經(jīng)濟學派）也得以復興。該學派同樣發(fā)源于美國，但主要在歐洲發(fā)展壯大。另外，一些創(chuàng)新性思潮如演化經(jīng)濟學，也顯示出與這一傳統(tǒng)學派間的緊密聯(lián)系。最終，伴隨著20世紀末新自由主義的復興，奧地利學派的復蘇重新開啟了制度經(jīng)濟學中另一個被長期遺忘的分支。顯然，始于20世紀80年代資本主義國家發(fā)生的大規(guī)模制度變遷、經(jīng)濟蕭條、部分社會主義國家經(jīng)濟轉(zhuǎn)型，以及發(fā)展中國家經(jīng)濟發(fā)展差異，都與制度經(jīng)濟學的演化息息相關。面對這些社會現(xiàn)狀，均衡分析和傳統(tǒng)的不變假定分析都顯得無能為力，客觀上需要引入制度分析。此外，伴隨著新古典學派的衰落和制度分析方法的復興，新古典學派在努力拓展其在方法和概念上對制度問題的研究，并體現(xiàn)在諸如公共選擇理論、產(chǎn)權理論、法學經(jīng)濟學、制度經(jīng)濟學、契約理論、委托代理等理論的研究中。
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