確切地說，零星的軍事行動在1683年12月就已經(jīng)開始。最先投入戰(zhàn)斗的就是那些生活在俄國人控制區(qū)的土著民眾。這些不堪忍受俄國人盤剝的淪陷區(qū)人民，得悉天朝大兵將要征討羅剎，都爭先恐后地行動了起來。先是牛滿河一帶奇勒爾氏族的奚魯噶奴等人“殺十余羅剎攜其妻子來歸”，接著鄂倫春的朱爾監(jiān)格等人也在精奇里江“殺五羅剎并獲其鳥槍”。牛滿河的部分哥薩克見勢不妙，在一個名叫米哈洛夫的頭目率領下，退往黑龍江下游。1684年1月，他們在恒滾河附近，和另一股活動在鄂霍次克海岸的哥薩克隊伍會合，隨即與費雅喀人武裝發(fā)生沖突，結果被費雅喀人擊退。

　　之后，薩布素根據(jù)康熙的指示，派遣鄂洛誠等軍官，率兵300人和4門火炮，前往剿滅俄國人。走投無路的米哈洛夫與部下21人向清軍繳械投降。薩布素派人將俘虜和繳獲槍支一起押送回京，鄂洛誠等300名官兵則于伯力就地駐扎，黑龍江下游各處再次被肅清。很快，俄國人在此地區(qū)的據(jù)點就只剩下雅克薩一座孤城而已。1685年3月，清軍和土著武裝的小股部隊開始到雅克薩附近活動，截殺或俘虜落單的哥薩克，以獲取更準確的情報。

　　其時的雅克薩，城防體系是切爾尼戈夫斯基任總管時，在斯捷潘諾夫修的城堡舊址上建成的。這是一座長18俄丈、寬13俄丈的四角方城，四周圍以木墻和2俄丈寬的壕溝。在靠陸地那一側的墻上，修起了一座高塔樓，塔樓下開辟了一座出入的城門。塔樓的上層是議事房，房中安設哨崗，從那里可以監(jiān)視敵人靠近。在臨河的那一側，修建了兩座帶有住房的塔樓。后來在城里增建了糧倉和帶鐘樓的教堂。當開始有商人前來阿爾巴津之后，該處又蓋起了進行交易的店鋪。軍役人員的住處位于城外，護以攔馬柵和6排刺障。此后不久，根據(jù)哥薩克自己的意愿，在阿爾巴津附近建筑了一座斯巴斯基修道院。到 1670年（清康熙九年），切爾尼戈夫斯基又在城堡周圍增修了一層木障壁，此后再無大修。

　　清軍即將展開大規(guī)模軍事行動的消息，被雅克薩派出的信使傳到莫斯科。意識到事態(tài)嚴重性的俄國宮廷不愿就此放棄黑龍江這頭“奶牛”。在沙俄當局的指令下，西伯利亞各個俄國城堡都開始行動起來，有人出人、有槍出槍，總共湊出了600多人的隊伍，由來自德意志地區(qū)的退役軍人阿法納西·拜頓擔任團長，增援雅克薩。在他們趕到前的1685年年初，來自托博爾斯克的軍役貴族阿列克謝·拉·托爾布津已經(jīng)抵達雅克薩。他帶來了莫斯科朝廷關于將“阿爾巴津”城堡升格為“阿爾巴津督軍區(qū)”的命令，而督軍就是他本人。他在城內聚集了包括軍役人員、農(nóng)民和獵人在內的450名哥薩克，算上妻兒老小等非戰(zhàn)斗人員在內，接近1000人。他們的武器是3門火炮和300支火繩槍，彈藥則來自獵戶和商人的供給。就這樣，雅克薩據(jù)點里的俄國人在一片風雨飄搖中，等待著清軍的到來。

　　1685年6月10日，水陸并進的清軍部隊抵達雅克薩城下�；蛟S是為了彰顯天子的寬仁，或許也是為了留出部署攻城的時間，剛升授都統(tǒng)銜不久的清軍總指揮彭春在陣前向俄國人發(fā)布了用滿、蒙、俄三種文字寫成的最后通牒：

　　“前屢經(jīng)遣人移文，命爾等撤回人眾，以逋逃歸我。數(shù)年不報，反深入內地，縱掠民間子女，構亂不休。乃發(fā)兵截爾等路，招撫恒滾諸地羅剎，赦而不誅。因爾等仍不去雅克薩，特遣勁旅徂征。以此兵威，何難滅爾。但率土之民，朕無不惻然垂憫，欲其得所，故不忍遽加殲除，反復告誡。爾等欲相安無事，可速回雅庫，于彼為界，捕貂收賦，毋復入內地構亂；歸我逋逃，我亦歸爾逃來之羅剎。果爾，則界上得以貿(mào)易，彼此安居，兵戈不興。倘執(zhí)迷不悟，仍然拒命，大兵必攻破雅克薩城，殲除爾眾矣�！�

　　妄想憑借城防固守待援的托爾布津傲慢地無視了清軍的最后通牒，于是戰(zhàn)斗終于23日正式打響。

　　為了給俄國人一個大教訓，康熙皇帝用了兩年的時間打造了這支遠征軍。主要指揮官郎坦、彭春、溫岱、瓦哈納等人久經(jīng)沙場，先后參與過滅三藩、平臺灣等重大戰(zhàn)事，并頗有戰(zhàn)功。配屬他們的作戰(zhàn)部隊包括：來自關內直隸、山東、山西、河南四省各自選派的火器兵250名，總數(shù)1000名；其他官兵400名；福建藤牌兵400名①；黑龍江本地官兵500名；滿族上三旗官兵170名；杜爾伯特、扎賚特兩部蒙古兵共500名。遠征軍總數(shù)3220人。如果算上隨軍夫役、水手等后勤運輸人員，以及負責屯田的黑龍江、寧古塔、盛京本地駐軍等，則此次邊境作戰(zhàn)清帝國動員的人員總數(shù)達到近萬人。這對于當時道路、驛站等基礎設施建設尚不完善的東北地區(qū)而言，實屬不易。

　　這支清軍單兵火器數(shù)量不多，全軍僅攜帶了100桿鳥槍。但這并不代表他們就器不如人。為了攻克雅克薩城，他們帶來了43門火炮（不含水師戰(zhàn)船配備的火炮）。其中包括4門鑄造于1676年（清康熙十五年）的“神威無敵大將軍”炮和1門用于攻堅、名為“沖天炮”的臼炮，以上兩類火炮主要負責轟擊城墻及城內建筑。余下的12門鑄造于1681年的“神威將軍”炮、21門子母炮和5門龍炮等輕型野戰(zhàn)炮，則用于攻擊出城反撲的俄國人。上述五種火炮還有45門存放在璦琿各處的軍火庫以資調用。相對于雅克薩城里只有區(qū)區(qū)3門火炮且只能依靠木城防守的俄國人，清軍在重火力上具有壓倒性的優(yōu)勢。雖然實際上，即使是體量較大的將軍炮系列，所配備的最重的實心炮彈也不過10磅左右。放到同時代的西方，這個級別的火炮只能承擔野戰(zhàn)火力支援任務，若是用它對巨石與厚土構成的棱堡打攻堅戰(zhàn)，結果只能是隔靴搔癢。不過，這些火炮用來轟擊雅克薩的木城，卻是綽綽有余。

　　6月25日傍晚，清軍開始炮轟雅克薩城。次日凌晨，正式的進攻開始。副都統(tǒng)雅欽和營門校尉胡布諾等統(tǒng)領鳥槍手、弓箭手等，在城南設大盾牌、堡籃，虛張聲勢作攻城狀。在他們的后方是攜帶龍炮和子母炮的護軍參領馬世基部。兩翼是攜帶12門神威將軍炮，并隱蔽起來的護軍參領博里秋、營門校尉烏沙和藤牌兵左提督何佑部。副都統(tǒng)溫岱、護軍參領瓦哈納等則率一部，攜帶4門神威無敵大將軍炮和1門沖天炮出奇兵，趁夜色搭乘由漢軍鑲白旗出身的黑龍江水師提督劉兆麒率領的運輸船，秘密過江，潛伏于城北伺機而動。副都統(tǒng)雅齊納、鎮(zhèn)守達斡爾提督白克等率黑龍江水師部分戰(zhàn)船于東南，以備水戰(zhàn)，嚴防俄國人走水路逃跑。城西山林一帶，清軍也秘密隱蔽了杜爾伯特、扎賚特兩部的蒙古騎兵，以警戒和堵截尼布楚方向來援的哥薩克隊伍。

　　這一布置果真迷惑了托爾布津，這位督軍大人見南面清軍沒什么重火力武器，遂放心大膽地組織了一次出擊。100多名手持火繩槍的哥薩克在己方炮火的掩護下，猖狂地從城堡里鉆了出來。他們一邊前進，一邊向清軍射擊。雅欽和胡布諾率軍佯退，俄國人則見狀發(fā)起追擊。在此時，清軍后軍和兩翼的野戰(zhàn)炮兵就掀去火炮上的偽裝物開始射擊。遭到三面攻擊的哥薩克猝不及防，數(shù)十人當場斃命，余者狼狽逃回城內。

　　與此同時，奉命率部攜帶火炮潛進至城北的溫岱所部，已經(jīng)構筑好了炮兵陣地并隨即向城內轟擊；城墻被“神威無敵大將軍”轟得千瘡百孔，城內的許多塔樓、房屋等建筑物和一門火炮則被擁有曲射能力的“沖天炮”炸毀。其他方向的清軍也對雅克薩發(fā)起強攻。大隊福建藤牌兵遵照副都統(tǒng)郎坦的指示，在漢軍鑲黃旗建義侯林興珠帶領下，到附近的山林里收集了一大堆柴草枯木，準備用來直趨城墻下放火。其時的雅克薩在俄國史家的筆下，已經(jīng)是一片地獄般的景象：

　　“攻城炮彈重量分別為十二、十五、甚至二十俄磅，破壞力很大，城中建筑物被火藥箭射中，燃起了熊熊大火。十天轟擊的結果，真是令人驚懼：一百人被擊斃，塔樓與城堡破壞無遺，商鋪、糧倉以及教堂，連同鐘樓，統(tǒng)統(tǒng)被火藥箭燒毀。除此以外，全部火藥和鉛彈，皆已告罄�！�

　　城內的修道院住持赫爾莫根和神父費奧多爾·伊凡諾夫等人見此慘狀，知道負隅頑抗下去絕沒好下場，于是向托爾布津請愿，請求督軍大人去找清軍談判，有條件投降。屋漏偏逢連夜雨，此時又傳來了消息。一支從尼布楚派來的小股援軍見雅克薩城外清軍炮火猛烈，竟然不戰(zhàn)而退。在又進行了幾天無效的抵抗后，求援無望、內外交困的托爾布津，派使者赴清軍軍營，提出獻城。但他要求清軍答應一項條件：允準雅克薩全體俄國居民攜帶私人財物、牲畜和各種儲備物資返回自己的國家，而不扣留他們作為俘虜，不使他們妻離子散。

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