目錄
譯者序
再版序
再版前言
第1章 蛋白質(zhì)組學(xué)的10年 1
1.1 蛋白質(zhì)組學(xué)導(dǎo)引 1
1.1.1 蛋白質(zhì)組學(xué)的含義是什么？ 1
1.1.2 事情是否會(huì)有所不同？ 2
1.2 技術(shù)推動(dòng)了蛋白質(zhì)組學(xué)的發(fā)展 3
1.2.1 蛋白質(zhì)分離 3
1.2.2 質(zhì)譜分析 4
1.2.3 數(shù)據(jù)解析 4
1.3 蛋白質(zhì)組學(xué)傳達(dá)了什么信息？ 6
1.4 什么尚不清楚？ 7
1.5 本書內(nèi)容和相關(guān)結(jié)論 8
參考文獻(xiàn) 9
第2章 基于電泳的蛋白質(zhì)組樣品制備與預(yù)分級技術(shù) 11
2.1 引言 11
2.2 常規(guī)的樣品制備 12
2.3 人為修飾 13
2.3.1 半胱氨酸的還原與烷基化 13
2.3.2 半胱氨酸的日消除 14
2.3.3 賴氨酸的氨甲酰化 15
2.4 蛋白質(zhì)組學(xué)的多元化研究方法 16
2.5 預(yù)分級技術(shù) 18
2.5.1 離心分級 18
2.5.2 色譜技術(shù) 18
2.5.3 電泳技術(shù) 20
2.6 用于樣品預(yù)分級的其他方法 22
2.6.1 高豐度蛋白質(zhì)的去除 22
2.6.2 均衡器顆粒 23
2.7 結(jié)論 26
參考文獻(xiàn) 27
第3章 蛋白質(zhì)組學(xué)中的蛋白質(zhì)鑒定 31
3.1 引言 31
3.2 蛋白質(zhì)鑒定中有用的屬性 31
3.2.1 來源種類 31
3.2.2 蛋白質(zhì)等電點(diǎn) 32
3.2.3 蛋白質(zhì)分子質(zhì)量 32
3.2.4 部分序列或序列標(biāo)簽 32
3.2.5 蛋白質(zhì)氨基酸組成 32
3.3 蛋白質(zhì)質(zhì)譜鑒定技術(shù) 34
3.3.1 用于蛋白質(zhì)鑒定的top-down和bottom-up策略 34
3.3.2 MS概述 30
3.3.3 基于肽質(zhì)量指紋譜鑒定蛋白質(zhì) 38
3.3.4 基于多級質(zhì)譜的蛋白質(zhì)鑒定 42
3.4 工具和網(wǎng)址列表 49
3.5 結(jié)語 49
參考文獻(xiàn) 50
第4章 定量蛋白質(zhì)組學(xué) 52
4.1 引言 52
4.2 非質(zhì)譜定量分析方法 53
4.3 質(zhì)譜相對定量方法 55
4.3.1 絕對定量還是相對定量？ 57
4.3.2 利用化學(xué)標(biāo)簽引入穩(wěn)定同位素 57
4.3.3 酶催化引入穩(wěn)定同位素 59
4.3.4 通過生物學(xué)的代謝標(biāo)記引入穩(wěn)定同位素 60
4.3.5 不使用穩(wěn)定同位素標(biāo)記的相對定量法 60
4.3.6 基于質(zhì)譜的絕對定量法 61
4.4 分析已知的翻譯后修飾 61
4.4.1 糖基化 61
4.4.2 磷酸化 62
4.4.3 泛素化 64
4.5 結(jié)語 64
參考文獻(xiàn) 65
第5章 一個(gè)基因，多個(gè)蛋白質(zhì) 70
5.1 引言 70
5.2 修飾總論：有哪些修飾？發(fā)生在哪里？ 72
5.3 怎樣發(fā)現(xiàn)翻譯后修飾？ 73
5.3.1 蛋白質(zhì)異構(gòu)體的分離 73
5.3.2 共翻譯和翻譯后修飾的檢測 74
5.3.3 修飾分析的策略：top-down與bottom-up的比較 70
5.3.4 翻譯時(shí)和翻譯后修飾的MS分析 75
5.4 特定修飾的分析 77
5.4.1 乙酰化 77
5.4.2 磷酸化 77
5.4.3 泛素化和小泛素化 78
5.4.4 糖基化 78
5.5 蛋白質(zhì)翻譯后修飾的功能：比所見到的要多？ 79
5.6 一些有趣的修飾故事 81
5.6.1 促紅細(xì)胞生成素的故事 81
5.6.2 脫輔基脂蛋白E的故事 81
5.6.3 早衰癥的故事 83
5.6.4 流感的故事 83
5.7 未來的方向 84
參考文獻(xiàn) 84
第6章 蛋白質(zhì)組成像技術(shù) 89
6.1 引言 89
6.2 2-DE成像技術(shù) 90
6.2.1 凝膠成像分析的前期步驟 91
6.2.2 不同蛋白質(zhì)組方法中的應(yīng)用實(shí)例 92
6.3 液相色譜質(zhì)譜 94
6.3.1 液相色譜-質(zhì)譜成像分析技術(shù)的前期步驟 94
6.3.2 不同蛋白質(zhì)組學(xué)方法中的應(yīng)用 90
6.4 分子掃描器 97
6.5 成像質(zhì)譜 101
6.5.1 成像質(zhì)譜技術(shù) 101
6.5.2 成像質(zhì)譜應(yīng)用 102
6.6 結(jié)語 103
參考文獻(xiàn) 103
第7章 蛋白質(zhì)組學(xué)的數(shù)據(jù)集成 106
7.1 引言 106
7.2 集成中信息的采集和交聯(lián) 108
7.2.1 資源的選擇和量化 108
7.2.2 生物學(xué)上的交聯(lián) 109
7.2.3 蛋白質(zhì)組學(xué)工作流程的集成單元 111
7.2.4 聯(lián)合集成機(jī)制 113
7.3 信息融合集成 115
7.3.1 文本信息 115
7.3.2 本體 116
7.3.3 融合資源的可視化工具舉例 117
7.3.4 從數(shù)據(jù)集成到系統(tǒng)生物學(xué) 117
7.4 結(jié)語 118
參考文獻(xiàn) 119
第8章 蛋白質(zhì)的相互作用 123
8.1 引言 123
8.2 人類疾病中的蛋白質(zhì)相互作用：蛋白質(zhì)的錯(cuò)誤連接導(dǎo)致病變 124
8.3 探索蛋白質(zhì)相互作用 125
8.3.1 表征生物體中所有編碼序列 127
8.3.2 監(jiān)測雙向作用：酵母雙雜交系統(tǒng) 127
8.3.3 親和純化和質(zhì)譜方法分析蛋白質(zhì)復(fù)合物 129
8.3.4 發(fā)光標(biāo)記哺乳動(dòng)物相互作用組定位方法 130
8.3.5 蛋白質(zhì)生物芯片 131
8.3.6 數(shù)據(jù)質(zhì)量 131
8.4 生物和生物醫(yī)學(xué)應(yīng)用 132
8.4.1 探索病理學(xué)和藥理學(xué)相關(guān)的作用途徑 132
8.4.2 從酵母相互作用全譜分析中得到的啟示 132
8.4.3 一個(gè)新應(yīng)用：蛋白質(zhì)相互作用的小分子抑制劑的發(fā)展 134
8.5 未來發(fā)展方向 135
參考文獻(xiàn) 136
第9章 蛋白質(zhì)組學(xué)在生物醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用 142
9.1 引言 142
9.2 蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)學(xué)上的應(yīng)用 143
9.3 基于體液的疾病診斷 144
9.4 血管疾病 145
9.4.1 簡介 145
9.4.2 蛋白質(zhì)組學(xué)在血管疾病和動(dòng)脈硬化癥中的應(yīng)用 145
9.4.3 蛋白質(zhì)組學(xué)在心血管疾病中的應(yīng)用 146
9.4.4 蛋白質(zhì)組學(xué)在腦血管疾病中的應(yīng)用 147
9.4.5 結(jié)論 148
9.5 神經(jīng)退行性疾病 148
9.5.1 腦蛋白質(zhì)組 148
9.5.2 神經(jīng)退行性疾病的蛋白質(zhì)表達(dá)譜 149
9.5.3 腦脊液(CSF)蛋白質(zhì)標(biāo)記物 150
9.6 蛋白質(zhì)組學(xué)與癌癥 151
9.6.1 腫瘤蛋白質(zhì)組學(xué)中生物標(biāo)記物的篩選 152
9.6.2 腫瘤學(xué)中的蛋白質(zhì)組表達(dá)譜 153
9.6.3 通過蛋白質(zhì)組學(xué)確認(rèn)組織學(xué)起源 154
9.6.4 結(jié)論 154
9.7 藥理毒理學(xué)：以2型糖尿病為例 155
9.7.1 糖尿病概述 155
9.7.2 2型糖尿病的病理學(xué) 155
9.7.3 2型糖尿病的治療 156
9.7.4 蛋白質(zhì)組學(xué)篩選2型糖尿病治療靶標(biāo) 156
9.8 藥物蛋白質(zhì)組學(xué)的現(xiàn)狀及將來方向 157
9.8.1 分析前的問題 157
9.8.2 分析過程中的問題 158
9.8.3 分析后的問題 158
9.9 目前和未來的方向 159
參考文獻(xiàn) 159
第10章 蛋白質(zhì)組學(xué)：下一步在哪里？ 163
10.1 引言 163
10.2 組學(xué)與生物學(xué)的相關(guān)性 164
10.3 蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的發(fā)展 164
10.3.1 修飾表征 165
10.3.2 全組織分析 165
10.4 蛋白質(zhì)組學(xué)的下一個(gè)階段：診斷學(xué)和藥學(xué) 166
10.4.1 診斷 166
10.4.2 藥物 167
10.5 結(jié)語 167
參考文獻(xiàn) 167