圓珍將在唐搜尋抄錄的佛經(jīng)、章疏、著述及碑銘等隨時(shí)加以整理，先后編寫出以下兩類目錄：第一類是按求得典籍的地點(diǎn)編錄，編出福州《開(kāi)元寺求得經(jīng)疏記等目錄》載錄一百五十六卷、《福州溫州臺(tái)州求得經(jīng)律論疏記外書目錄》載錄四百五十八卷、長(zhǎng)安《青龍寺求法目錄》載錄一百一十五卷，后有圓珍求青龍寺法全“檢�！庇枰宰C明的疏狀、法全表明圓珍已受密教大法及得阿閣梨位的書狀。第二類屬于總目錄，編有《日本比丘圓珍人唐求法目錄》載錄三百四十一本（部）七百七十二卷，前后也按得書地點(diǎn)編目，其中不包括零碎經(jīng)論和抄寫未畢者；《日本國(guó)上都比睿山延歷寺比丘圓珍入唐求法總目錄》載錄四百四十一本（部）一千卷，前面有“大唐國(guó)浙江東道臺(tái)州唐興縣天臺(tái)山國(guó)清寺”，表明這正是圓珍在大中十二年閏二月通過(guò)國(guó)清寺上呈臺(tái)州刺史要求給予公驗(yàn)印信的目錄。然而現(xiàn)本后面署的時(shí)間是大中十二年五月十五日，表明后又有修補(bǔ)�，F(xiàn)《大正藏》卷五十五所載名稱為《智證大師請(qǐng)來(lái)目錄》，因?yàn)椤爸亲C大師”是圓珍死后三十六年天皇所賜謚號(hào)，可見(jiàn)這個(gè)名稱是后人改用的。
　　圓珍回國(guó)后，將自己在唐求法經(jīng)歷寫成《在唐巡禮記》五卷，現(xiàn)已不存，僅有后人摘編部分內(nèi)容的《行歷抄》《在唐日錄》。另有《師友唱酬詩(shī)集》十二卷，已佚，現(xiàn)存18世紀(jì)園城寺敬光編錄的《風(fēng)藻餞言集》，載有圓珍在唐僧俗友人的詩(shī)十六首二句、書狀七篇。
　　圓珍回國(guó)的第二年，得到清和天皇的召見(jiàn)，他將先文德天皇愿求的胎藏、金剛界兩部曼荼羅進(jìn)奉天皇，得到朝廷允許他在全國(guó)傳法的敕印公驗(yàn)。當(dāng)時(shí)藤原良房擔(dān)任太政大臣，對(duì)圓珍傳法給予種種方便。
　　當(dāng)時(shí)日本朝野風(fēng)行密教。清和天皇貞觀六年（864）圓珍奉敕人京，在仁壽殿結(jié)壇，為以太政大臣藤原良房為首的臣僚舉行密教胎藏界灌頂儀式，為天皇等人講《大日經(jīng)》，后被安置于冷然院“持念壇”專為天皇寶祚、皇后祈禱。清和天皇貞觀十年（868），圓珍五十五歲，敕任比睿山延歷寺座主。圓珍在清和天皇貞觀十四年（872）九月回到比睿山，直到去世也沒(méi)有出山。他的地位日益提升，在宇多天皇寬平二年（890）經(jīng)全山僧眾上表推舉和太政大臣藤原基經(jīng)的推薦，圓珍受任全國(guó)僧官職位之一的少僧都。圓珍于寬平三年（891）十月去世，年七十八。
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