《化學(xué)信息學(xué)》從實(shí)用性角度出發(fā),按化學(xué)信息的獲取、化學(xué)信息的分析加工以及化學(xué)信息的傳播精心設(shè)計(jì)教學(xué)內(nèi)容,主要包括:計(jì)算機(jī)及網(wǎng)絡(luò)技術(shù)、科學(xué)數(shù)據(jù)庫及文獻(xiàn)檢索、計(jì)算機(jī)化學(xué)圖文處理技術(shù)、計(jì)算機(jī)輔助分子設(shè)計(jì)、計(jì)算機(jī)輔助教學(xué)等方面的知識(shí)與應(yīng)用。本書是一部連接MOOC與課堂的新形態(tài)教材,配套了豐富的視頻資源,讀者可以通過手機(jī)掃描二維碼來觀看,也可以配合中國大學(xué)慕課網(wǎng)站上的在線課程《化學(xué)信息學(xué)》使用。
《化學(xué)信息學(xué)》可供普通高;瘜W(xué)類專業(yè)學(xué)生使用,也可供廣大的科技工作者參考。
林亞維,武漢理工大學(xué)化生學(xué)院化學(xué)系,副教授, 林亞維本科畢業(yè)于武漢大學(xué)化學(xué)系,2006年至2011年就讀于加拿大渥太華大學(xué)化學(xué)系并獲博士學(xué)位,2011年博士畢業(yè)后在加拿大國家研究院生命科學(xué)所進(jìn)行博士后研究工作,2012年被引進(jìn)武漢理工大學(xué)化學(xué)系,任副教授,目前擔(dān)任《化學(xué)信息學(xué)》、《計(jì)算機(jī)與應(yīng)用化學(xué)》、《儀器分析原理與實(shí)驗(yàn)》主講教師。林亞維博士在國外留學(xué)研究多年,在海外學(xué)習(xí)、科研過程中熟練使用國外各大數(shù)據(jù)庫,熟練使用多種計(jì)算機(jī)化學(xué)軟件如:Chemdraw、GaussView,Matlab、Amber、Guassian03軟件包等進(jìn)行分子力學(xué)、密度泛函理論計(jì)算。2012年回國任教以來,與郭麗萍教授一起共同完成了一輪《化學(xué)信息學(xué)》和《計(jì)算機(jī)與應(yīng)用化學(xué)》的教學(xué),逐漸熟悉了我校研究生和本科生教學(xué)環(huán)節(jié),積累了經(jīng)驗(yàn)。通過切身體驗(yàn),對(duì)《化學(xué)信息學(xué)》課程內(nèi)容,如數(shù)據(jù)庫的使用和文獻(xiàn)檢索及其文獻(xiàn)管理、化學(xué)繪圖及化學(xué)計(jì)算有著獨(dú)特的心得,對(duì)教學(xué)過程、學(xué)生管理有自己獨(dú)特的方法。
第1章 化學(xué)信息學(xué)導(dǎo)論 1
1.1 分子結(jié)構(gòu)與性質(zhì)的數(shù)值化表述及數(shù)據(jù)收集 1
1.2 圖論與概率論在分子結(jié)構(gòu)信息中的應(yīng)用 4
1.3 數(shù)學(xué)建模與信息轉(zhuǎn)化 7
1.3.1 甄選輸入變量 7
1.3.2 數(shù)據(jù)收集 8
1.3.3 數(shù)值模型的參數(shù)訓(xùn)練與測試 8
1.4 受體-配體打分函數(shù)模型——從經(jīng)驗(yàn)化模型到人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò) 9
1.4.1 主成分分析 10
1.4.2 人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò) 10
第2章 文獻(xiàn)檢索概論 13
2.1 信息、知識(shí)、情報(bào)和文獻(xiàn) 13
2.2 科技文獻(xiàn)的級(jí)別 14
2.3 科技文獻(xiàn)類型 15
2.4 科技文獻(xiàn)的出版形式及科技文獻(xiàn)的特點(diǎn) 17
2.4.1 科技文獻(xiàn)的出版形式 17
2.4.2 科技文獻(xiàn)的特點(diǎn) 17
2.5 科技文獻(xiàn)檢索概述 18
2.5.1 科技文獻(xiàn)檢索的含義 18
2.5.2 文獻(xiàn)的存儲(chǔ)與檢索 18
2.5.3 科技文獻(xiàn)檢索的意義與作用 19
2.5.4 科技文獻(xiàn)檢索工具 19
2.6 科技文獻(xiàn)檢索的途徑 20
2.6.1 根據(jù)文獻(xiàn)的外部特征進(jìn)行檢索 20
2.6.2 根據(jù)文獻(xiàn)的內(nèi)容特征進(jìn)行檢索 21
2.7 科技文獻(xiàn)的檢索方法 21
2.7.1 常規(guī)法 21
2.7.2 追溯法 22
2.7.3 循環(huán)法(綜合法) 22
2.7.4 基本檢索步驟 23
第3章 化學(xué)數(shù)據(jù)庫 24
3.1 全文文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫 25
3.1.1 全文數(shù)據(jù)庫簡介 25
3.1.2 重要中文全文數(shù)據(jù)庫 25
3.1.3 重要英文全文數(shù)據(jù)庫 28
3.2 文摘索引數(shù)據(jù)庫 32
3.2.1 文摘索引數(shù)據(jù)庫簡介 32
3.2.2 文摘索引數(shù)據(jù)庫發(fā)展趨勢及意義 33
3.2.3 重要外文文摘索引數(shù)據(jù)庫 33
3.2.4 Web of Science(SCI)數(shù)據(jù)庫的介紹與使用 35
3.2.5 SciFinder(CAS)數(shù)據(jù)庫的介紹與使用 36
3.2.6 X-MOL知識(shí)平臺(tái) 41
3.3 特種文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫 54
3.3.1 專利文獻(xiàn)資源與檢索 54
3.3.2 學(xué)位論文資源與檢索 55
3.3.3 化學(xué)事實(shí)數(shù)據(jù)庫 55
第4章 化學(xué)軟件簡介與ChemBioOffice使用 57
4.1 化學(xué)軟件概述 57
4.2 化學(xué)結(jié)構(gòu)可視化軟件 58
4.2.1 二維化學(xué)結(jié)構(gòu)式繪制軟件 58
4.2.2 化學(xué)三維結(jié)構(gòu)繪制軟件 59
4.3 數(shù)據(jù)處理軟件 59
4.4 文獻(xiàn)管理軟件 60
4.5 圖譜解析軟件 61
4.6 化學(xué)計(jì)算軟件 61
4.7 其他軟件 62
4.8 ChemBioOffice軟件 62
4.8.1 ChemDraw的使用方法 62
4.8.2 ChemDraw的其他功能 68
4.8.3 分子模型軟件Chem3D 70
第5章 科學(xué)數(shù)據(jù)處理軟件 80
5.1 數(shù)據(jù)分析軟件Origin概述 80
5.2 Origin界面簡介 81
5.2.1 Origin常用術(shù)語 81
5.2.2 Origin菜單介紹 82
5.3 Origin的基本使用 83
5.3.1 數(shù)據(jù)導(dǎo)入 83
5.3.2 數(shù)據(jù)作圖 85
5.3.3 繪制工作曲線 88
5.3.4 區(qū)域性擬合 90
5.3.5 非線性擬合 92
5.3.6 疊圖與多Y軸圖的繪制 95
5.3.7 多屏圖的繪制 97
第6章 圖片處理軟件Photoshop 100
6.1 科技作圖 100
6.1.1 科技論文中的圖片 100
6.1.2 科技論文圖表規(guī)范 101
6.2 繪圖基本概念 102
6.3 Photoshop簡介 105
6.3.1 Photoshop界面簡介 105
6.3.2 Photoshop基本概念 107
6.3.3 Photoshop常用功能 108
6.3.4 細(xì)胞膜模型的繪制 111
6.3.5 組圖的繪制 113
6.3.6 透視色譜圖 115
6.3.7 電鏡圖上色 118
第7章 Adobe Illustrator科研繪圖 121
7.1 Illustrator界面介紹 121
7.1.1 菜單欄 122
7.1.2 工具箱 122
7.1.3 工具屬性欄 123
7.1.4 面板 123
7.2 Illustrator基本概念和常用功能 123
7.2.1 路徑和錨點(diǎn) 123
7.2.2 圖層 125
7.2.3 畫筆 126
7.2.4 符號(hào) 126
7.3 Illustrator 基礎(chǔ)操作 126
7.3.1 填色和描邊 126
7.3.2 對(duì)象的基本操作方法 129
7.3.3 路徑查找器 129
7.3.4 形狀生成器和實(shí)時(shí)上色工具 131
7.3.5 混合工具 133
7.3.6 效果濾鏡 134
7.4 Illustrator實(shí)例繪制 134
7.4.1 實(shí)例1——模式圖 134
7.4.2 實(shí)例2——小腸絨毛細(xì)胞 145
第8章 核磁共振譜圖解析軟件ACD/NMR與文獻(xiàn)管理軟件EndNote 156
8.1 ACD/NMR軟件介紹 156
8.1.1 ACD/NMR Processor的主要功能 157
8.1.2 ACD/NMR Processor的使用簡介 157
8.2 文獻(xiàn)的引用 163
8.2.1 文獻(xiàn)的規(guī)范化引用 163
8.2.2 引用文獻(xiàn)的意義 164
8.2.3 引用文獻(xiàn)注意事項(xiàng) 165
8.3 文獻(xiàn)管理工具EndNote 165
8.3.1 EndNote簡介 165
8.3.2 EndNote的文獻(xiàn)導(dǎo)入與檢索 167
8.3.3 使用EndNote插入?yún)⒖嘉墨I(xiàn) 168
第9章 學(xué)位論文排版 171
9.1 文檔的新建與保存 172
9.2 頁面設(shè)置 173
9.2.1 頁面布局設(shè)置 174
9.2.2 目錄的生成 177
9.2.3 分節(jié)符 178
9.2.4 頁眉、頁腳、頁碼的設(shè)置 179
9.3 樣式的使用 182
9.3.1 樣式的創(chuàng)建 182
9.3.2 章節(jié)標(biāo)題的設(shè)置與多級(jí)列表的使用 184
9.3.3 更新目錄 194
9.3.4 圖表的題注和交叉引用 196
9.3.5 公式的題注和交叉引用 200
9.4 參考文獻(xiàn) 204
9.4.1 著錄項(xiàng)目和著錄格式 204
9.4.2 利用EndNote插入?yún)⒖嘉墨I(xiàn) 205
9.5 常用的小技巧匯總 205
9.5.1 快速定位導(dǎo)航窗格 205
9.5.2 三線表的畫法 206
9.5.3 快捷鍵 208
參考文獻(xiàn) 210