元明清時(shí)期北方邊疆民族地區(qū)變遷史是蒙古族社會(huì)的變遷史，國家與基層社會(huì)的關(guān)系是國家與蒙古族的關(guān)系。這個(gè)時(shí)期蒙古族社會(huì)發(fā)生了巨大的變化，社會(huì)結(jié)構(gòu)的變遷較為復(fù)雜。北方邊疆民族地區(qū)與國家的關(guān)系出現(xiàn)了反復(fù)，國家對這一地區(qū)社會(huì)基層組織的改革和影響不是沿襲發(fā)展，因?yàn)槊鞒瘯r(shí)國家對這一地區(qū)的社會(huì)組織，特別是基層社會(huì)組織的影響十分小，可以說很多地方?jīng)]有產(chǎn)生影響。同時(shí)，從國家司法管轄、國家法的適用來看出現(xiàn)了中斷。然而，元、清兩朝卻與明朝不同，因?yàn)檫@兩朝這一地區(qū)在國家政治生活中扮演了重要地位，進(jìn)而影響到這一地區(qū)社會(huì)基層組織與國家法的關(guān)系。
　　元朝時(shí)北方邊疆民族地區(qū)是政權(quán)的起源地和核心區(qū)，國家對北方邊疆民族地區(qū)社會(huì)基層組織的改革十分深入，國家法在這一地區(qū)的適用非常的廣泛和通暢，這一點(diǎn)可以從黑城的司法檔案中看出。清朝時(shí)國家對北方邊疆民族地區(qū)的社會(huì)基層組織進(jìn)行了改革，設(shè)置了旗、蘇木、族長、什長等，這些人員受到國家強(qiáng)有力的管理，基層社會(huì)組織受到了十分深入的國家力量的影響，于是國家法在這一地區(qū)的適用表現(xiàn)得非常突出，特別到中后期，隨著廳州縣制的設(shè)立，國家權(quán)力對基層社會(huì)影響更加深入，同時(shí)基層社會(huì)組織也開始出現(xiàn)新的變化，那就是內(nèi)地的鄉(xiāng)約、保甲等制度開始出現(xiàn)。
　　元明清時(shí)期北方邊疆民族地區(qū)從基層社會(huì)組織變遷和國家法的適用關(guān)系來看，國家與基層社會(huì)組織的關(guān)系體現(xiàn)出發(fā)展中的反復(fù)性、變遷中的復(fù)雜性。這一特點(diǎn)是北方邊疆民族地區(qū)基層社會(huì)組織與國家關(guān)系變遷中的基本特點(diǎn)。這一特點(diǎn)與這個(gè)時(shí)期北方邊疆民族地區(qū)在中國邊疆民族地區(qū)在國家政權(quán)中的歷史地位有關(guān)系。元朝時(shí)期北方邊疆民族地區(qū)在國家中的地位是政治中心區(qū)，受到國家的高度關(guān)注。國家對這一地區(qū)在基層社會(huì)組織設(shè)置上與國家其他地區(qū)基層社會(huì)組織設(shè)置是一致的。最先設(shè)立百戶、千戶這樣軍民合一的基層社會(huì)制度。元朝建元后，設(shè)行省、路、府、州、縣制，基層社會(huì)組織在很多治所所在設(shè)立社制。這樣國家法律自然適用到這些地區(qū)，國家也不把北方民族地區(qū)當(dāng)成特別地區(qū)來對待。
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