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植物基因工程實(shí)驗(yàn)技術(shù)指南 讀者對(duì)象:本書適用于植物基因工程研究人員,高等院校高年級(jí)生物技術(shù)專業(yè)本科生
以植物基因工程操作程序?yàn)橹骶,逐漸展開敘述每一個(gè)實(shí)驗(yàn)的原理、操作技術(shù)及結(jié)果分析,同時(shí)介紹每一個(gè)實(shí)驗(yàn)的多種方案及其設(shè)計(jì)原則,以利于實(shí)驗(yàn)者選擇和自我設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)方案,拓寬其思路,激勵(lì)實(shí)驗(yàn)者的創(chuàng)新能力。全書注重科學(xué)性和可操作性,緊密聯(lián)系實(shí)際,學(xué)以致用,要求內(nèi)容正確、系統(tǒng)、全面,形成完整的實(shí)驗(yàn)技術(shù)體系,突出植物特點(diǎn),減少與其它學(xué)科的書重復(fù)。
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目錄
前言 第一篇 核酸分離提取技術(shù) 第1章 微生物DNA提取技術(shù)2 實(shí)驗(yàn)1-1大腸桿菌質(zhì)粒DNA提取2 1-1-1質(zhì)粒DNA小量常規(guī)提取法2 1-1-2質(zhì)粒DNA小量試劑盒提取法3 1-1-3質(zhì)粒DNA大量提取法5 實(shí)驗(yàn)1-2農(nóng)桿菌Ti質(zhì)粒DNA提取7 實(shí)驗(yàn)1-3農(nóng)桿菌雙元載體中mini-Ti質(zhì)粒提取7 實(shí)驗(yàn)1-4M13噬菌體DNA提取9 1-4-1M13噬菌體單鏈DNA提取9 1-4-2M13噬菌體RF DNA提取9 第2章植物DNA提取10 實(shí)驗(yàn)2-1植物細(xì)胞總DNA提取10 2-1-1可用于PCR的DNA微量制備10 2-1-2SDS法10 2-1-3CTAB法11 2-1-4高鹽法提取多糖類植物總DNA11 2-1-5食用油中提取DNA的方法12 實(shí)驗(yàn)2-2植物核DNA提取13 2-2-1核DNA的大量提取法13 2-2-2核DNA微量提取法14 2-2-3核DNA柱式抽提試劑盒法15 2-2-4核DNA磁珠法抽提試劑盒法15 實(shí)驗(yàn)2-3植物葉綠體DNA提取17 2-3-1密度梯度離心DNase處理法17 2-3-2高鹽低pH方法提取葉綠體DNA18 2-3-3多糖類植物葉綠體DNA分離提取19 實(shí)驗(yàn)2-4植物線粒體DNA提取純化20 第3章植物RNA提取技術(shù)22 實(shí)驗(yàn)3-1植物總RNA提取22 3-1-1異硫氰酸胍法22 3-1-2苯酚法22 3-1-3LiCl沉淀法23 3-1-4一步提取法23 3-1-5植物總RNA提取純化試劑盒法23 3-1-6Fruit-mateTM for RNA purification法24 3-1-7RNAiso for polysaccharide-rich plant tissue法25 3-1-8TRIzol法26 實(shí)驗(yàn) 3-2總RNA中mRNA的分離提取27 3-2-1層析法27 3-2-2poly(A) mRNA 提取純化試劑盒法27 3-2-3MagnosphereTM UltraPure mRNA purification Kit法28 實(shí)驗(yàn)3-3植物microRNA的提取分離29 3-3-1microRNA提取試劑盒法29 3-3-2miRcute miRNA 提取分離試劑盒法30 第4章核酸提取物純度、濃度及定量檢測(cè)32 實(shí)驗(yàn)4-1細(xì)菌DNA提取物純度及濃度檢測(cè)32 4-1-1分光光度(紫外吸收)法32 4-1-2瓊脂糖凝膠電泳法32 實(shí)驗(yàn)4-2植物DNA提取物純度及濃度檢測(cè)33 4-2-1分光光度(紫外吸收)法33 4-2-2瓊脂糖凝膠電泳法33 4-2-3熒光光譜法33 實(shí)驗(yàn)4-3植物RNA提取物純度及濃度檢測(cè)34 4-3-1分光光度(紫外吸收)法34 4-3-2瓊脂糖凝膠電泳法34 第一篇主要參考文獻(xiàn)36 第二篇基因分離克隆技術(shù) 第5章目的基因的PCR擴(kuò)增技術(shù)38 實(shí)驗(yàn)5-1cDNA合成38 5-1-1AMV法38 5-1-2M-MLV法38 5-1-3第一鏈cDNA合成試劑盒法39 實(shí)驗(yàn)5-2基因保守序列的PCR擴(kuò)增40 5-2-1一般的PCR方法40 5-2-2PCR酶試劑盒法40 5-2-3PCR反應(yīng)要素41 5-2-4PCR反應(yīng)條件:溫度、時(shí)間和循環(huán)次數(shù)42 5-2-5常用PCR反應(yīng)試劑盒43 實(shí)驗(yàn)5-3反轉(zhuǎn)錄PCR (RT-PCR) 擴(kuò)增技術(shù)44 5-3-1植物總RNA提取44 5-3-2反轉(zhuǎn)錄PCR (RT-PCR) 擴(kuò)增44 5-3-3一步法反轉(zhuǎn)錄PCR(RT-PCR)試劑盒法45 實(shí)驗(yàn)5-4PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的克隆46 5-4-1平末端連接46 5-4-2TA克隆52 實(shí)驗(yàn)5-5反向PCR(Reverse-PCR)55 實(shí)驗(yàn)5-6實(shí)時(shí)熒光定量PCR55 5-6-1樣品RNA的抽提55 5-6-2RNA質(zhì)量檢測(cè)56 5-6-3樣品cDNA合成56 5-6-4梯度稀釋的標(biāo)準(zhǔn)品及待測(cè)樣品的管家基因(β-actin)實(shí)時(shí)定量PCR56 5-6-5制備用于繪制梯度稀釋標(biāo)準(zhǔn)曲線的DNA模板57 5-6-6待測(cè)樣品的待測(cè)基因?qū)崟r(shí)定量PCR57 5-6-7實(shí)時(shí)定量PCR引物57 5-6-8電泳57 5-6-9實(shí)時(shí)熒光定量PCR試劑盒法57 實(shí)驗(yàn)5-7cDNA末端快速擴(kuò)增技術(shù)(RACE)59 5-7-1總RNA的提取59 5-7-2反轉(zhuǎn)錄PCR59 5-7-3RACE方法擴(kuò)增3′端59 5-7-4RACE方法擴(kuò)增5′端60 第6章基因芯片技術(shù)分離目的基因63 實(shí)驗(yàn)6-1制備芯片63 6-1-1基片的制備63 6-1-2點(diǎn)樣探針的制備64 6-1-3基因芯片點(diǎn)樣64 實(shí)驗(yàn)6-2樣品制備65 6-2-1植物RNA提取65 6-2-2檢測(cè)提取的RNA65 6-2-3純化總RNA(Qiagen的RNeasy Mini Kit或Micro Kit)65 6-2-4純化總RNA的定量檢測(cè)65 6-2-5cDNA合成65 6-2-6純化cDNA(Affymetrix GeneChip Sample Cleanup Module)66 6-2-7cRNA合成和純化(GeneChip IVT Labeling Kit)66 6-2-8純化cRNA的定量檢測(cè)67 6-2-9片段化cRNA67 實(shí)驗(yàn)6-3芯片雜交67 實(shí)驗(yàn)6-4芯片圖像處理68 實(shí)驗(yàn)6-5芯片數(shù)據(jù)預(yù)處理69 實(shí)驗(yàn)6-6芯片差異表達(dá)基因分析69 實(shí)驗(yàn)6-7全基因克隆69 第7章插入突變分離克隆目的基因71 實(shí)驗(yàn)7-1T-DNA標(biāo)簽法71 7-1-1T-DNA載體的構(gòu)建71 7-1-2對(duì)轉(zhuǎn)化后代進(jìn)行表型分析71 7-1-3對(duì)突變體進(jìn)行遺傳分析71 7-1-4PCR法分離T-DNA插入位點(diǎn)的側(cè)翼序列71 7-1-5證實(shí)T-DNA的插入導(dǎo)致表型的變異71 實(shí)驗(yàn)7-2轉(zhuǎn)座子標(biāo)簽法71 7-2-1農(nóng)桿菌介導(dǎo)法把轉(zhuǎn)座子導(dǎo)入目標(biāo)生物體72 7-2-2轉(zhuǎn)座子的初步定位72 7-2-3轉(zhuǎn)座子插入突變的鑒定及分離72 7-2-4轉(zhuǎn)座子在目標(biāo)生物體內(nèi)的活動(dòng)性能檢測(cè)72 7-2-5分離克隆目的基因72 實(shí)驗(yàn)7-3sAc/Ds雙系統(tǒng)法72 7-3-1sAc的轉(zhuǎn)化植株和Ds的轉(zhuǎn)化植株的獲得72 7-3-2轉(zhuǎn)化株雜交,挑選雜合sAc和Ds的子一代植株73 7-3-3Ds在sAc產(chǎn)生的轉(zhuǎn)位酶幫助下轉(zhuǎn)座,產(chǎn)生表型突變株73 7-3-4建立對(duì)應(yīng)于變異株的基因文庫或cDNA文庫73 7-3-5篩選對(duì)應(yīng)的基因克隆并了解該基因的特征73 7-3-6回復(fù)突變株的獲得73 第8章圖位克隆目的基因74 實(shí)驗(yàn)8-1構(gòu)建遺傳作圖群體74 實(shí)驗(yàn)8-2篩選連鎖分子標(biāo)記74 實(shí)驗(yàn)8-3突變基因的染色體初步定位75 實(shí)驗(yàn)8-4基因精細(xì)定位75 實(shí)驗(yàn)8-5構(gòu)建基因組文庫76 實(shí)驗(yàn)8-6利用分子標(biāo)記篩選基因組文庫76 實(shí)驗(yàn)8-7PCR擴(kuò)增測(cè)序?qū)ふ彝蛔兾稽c(diǎn)76 實(shí)驗(yàn)8-8基因組高通量測(cè)序?qū)ふ彝蛔兾稽c(diǎn)76 實(shí)驗(yàn)8-9驗(yàn)證克隆基因的正確性77 第9章基因文庫技術(shù)分離目的基因78 實(shí)驗(yàn)9-1cDNA 文庫構(gòu)建78 實(shí)驗(yàn)9-2BAC 文庫構(gòu)建80 實(shí)驗(yàn)9-3YAC文庫構(gòu)建85 實(shí)驗(yàn)9-4TAC文庫構(gòu)建89 第10章差異表達(dá)基因的分離技術(shù)92 實(shí)驗(yàn)10-1差別雜交與扣除雜交92 10-1-1原代目的基因培養(yǎng)92 10-1-2總RNA提取92 10-1-3層析法分離提純目的基因92 10-1-4制取cDNA探針92 10-1-5cDNA扣除文庫的構(gòu)建92 10-1-6cDNA扣除文庫的擴(kuò)增及初步鑒定94 實(shí)驗(yàn)10-2mRNA差異顯示技術(shù)(DDRT-PCR)94 10-2-1總RNA提取94 10-2-2RNA樣品中微量DNA的去除94 10-2-3建立反轉(zhuǎn)錄歸類反應(yīng)體系95 10-2-4PCR選擇擴(kuò)增95 10-2-5差別條帶的回收95 10-2-6回收條帶的PCR擴(kuò)增95 10-2-7擴(kuò)增產(chǎn)物的純化96 實(shí)驗(yàn)10-3代表性差異(RAD)和抑制性扣除雜交(SSH)96 10-3-1總RNA提取96 10-3-2磁性球珠分離mRNA96 10-3-3抑制消減雜交文庫的構(gòu)建96 10-3-4載體的連接及轉(zhuǎn)化98 10-3-5插入片段長度的藍(lán)白斑篩選與鑒定98 10-3-6菌體的培養(yǎng)與保存99 10-3-7序列分析和序列提交99 實(shí)驗(yàn)10-4交互扣除RNA 差別顯示技術(shù)(RSDD)99 10-4-1扣除雜交99 10-4-2差異顯示99 10-4-3表達(dá)分析100 實(shí)驗(yàn)10-5隨機(jī)引物PCR的RNA指紋法100 10-5-1RNA的提取和制備100 10-5-2總RNA的DNase處理100 10-5-3反轉(zhuǎn)錄及PCR擴(kuò)增100 10-5-4差異片段回收及克隆測(cè)序101 第11章功能蛋白組技術(shù)分離目的基因102 實(shí)驗(yàn)11-1用于雙向電泳分析的植物總蛋白提取及濃度測(cè)定102 11-1-1酚法提取植物總蛋白102 11-1-2三氯乙酸沉淀法提取植物總蛋白103 11-1-3植物總蛋白提取試劑盒法103 11-1-4Bradford法測(cè)定蛋白質(zhì)濃度105 11-1-5蛋白質(zhì)濃度測(cè)定試劑盒法105 實(shí)驗(yàn)11-2雙向電泳分離目的蛋白109 11-2-1IPG膠條的水合和等電聚焦109 11-2-2IPG膠條的平衡111 11-2-3SDS-PAGE電泳111 實(shí)驗(yàn)11-3雙向電泳凝膠染色111 11-3-1考馬斯亮藍(lán)染色法111 11-3-2SYPRO Ruby染色法112 11-3-3硝酸銀(AgNO3)染色法112 11-3-4考馬斯亮藍(lán)蛋白質(zhì)染色試劑盒法113 實(shí)驗(yàn)11-4用于質(zhì)譜分析的多肽樣品制備113 第12章酵母雙雜交系統(tǒng)分離克隆目的基因116 實(shí)驗(yàn)12-1雙雜交文庫構(gòu)建及篩選116 實(shí)驗(yàn)12-2酵母雙雜交文庫篩選目的基因117 12-2-1通過酵母配對(duì)來篩選目的基因117 12-2-2通過共轉(zhuǎn)化的方法篩選目的基因119 實(shí)驗(yàn)12-3分析陽性相互作用120 12-3-1營養(yǎng)缺陷型/報(bào)告基因表達(dá)/3AT方法重測(cè)表型120 12-3-2酵母雙雜交相互作用基因的最終獲得121 第二篇主要參考文獻(xiàn)123 第三篇DNA重組及載體構(gòu)建技術(shù) 第13章目的基因克隆載體構(gòu)建126 實(shí)驗(yàn)13-1目的基因PCR擴(kuò)增126 實(shí)驗(yàn)13-2目的基因插入T載體126 實(shí)驗(yàn)13-3目的基因與克隆載體的限制性酶切及回收127 13-3-1平末端的限制性內(nèi)切核酸酶單酶切127 13-3-2黏性末端的限制性內(nèi)切核酸酶單酶切128 13-3-3限制性內(nèi)切核酸酶雙酶切128 13-3-4試劑盒法回收酶切產(chǎn)物129 13-3-5采用乙醇沉淀法進(jìn)行酶切產(chǎn)物的回收130 實(shí)驗(yàn)13-4目的基因與克隆載體的連接反應(yīng)130 實(shí)驗(yàn)13-5連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞131 13-5-1化學(xué)法轉(zhuǎn)化大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞131 13-5-2電擊法轉(zhuǎn)化大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞132 實(shí)驗(yàn)13-6目的基因重組克隆載體的鑒定132 13-6-1重組克隆載體的PCR鑒定132 13-6-2重組克隆載體的酶切鑒定133 13-6-3菌落原位雜交鑒定重組克隆載體133 13-6-4α-互補(bǔ)實(shí)驗(yàn)鑒定重組克隆載體136 13-6-5插入失活鑒定重組菌落137 第14章目的基因遺傳轉(zhuǎn)化載體構(gòu)建138 實(shí)驗(yàn)14-1一元轉(zhuǎn)化系統(tǒng)的中間表達(dá)載體的構(gòu)建138 14-1-1共整合載體系統(tǒng)的中間表達(dá)載體構(gòu)建138 14-1-2拼接末端載體系統(tǒng)的中間表達(dá)載體構(gòu)建139 實(shí)驗(yàn)14-2一元載體系統(tǒng)的中間表達(dá)載體導(dǎo)入農(nóng)桿菌139 14-2-1平板涂布法140 14-2-2纖維素膜固定法141 實(shí)驗(yàn)14-3二元轉(zhuǎn)化系統(tǒng)的中間表達(dá)載體構(gòu)建141 實(shí)驗(yàn)14-4二元載體系統(tǒng)的中間表達(dá)載體導(dǎo)入農(nóng)桿菌142 14-4-1三親本雜交法轉(zhuǎn)化農(nóng)桿菌143 14-4-2凍融法直接轉(zhuǎn)化農(nóng)桿菌 143 14-4-3電轉(zhuǎn)化法直接轉(zhuǎn)化農(nóng)桿菌144 第15章其他遺傳轉(zhuǎn)化載體構(gòu)建146 實(shí)驗(yàn)15-1發(fā)根農(nóng)桿菌Ri遺傳轉(zhuǎn)化載體構(gòu)建146 實(shí)驗(yàn)15-2病毒表達(dá)載體構(gòu)建147 實(shí)驗(yàn)15-3Tag融合表達(dá)的遺傳轉(zhuǎn)化載體構(gòu)建148 15-3-1直接構(gòu)建Tag融合表達(dá)的遺傳轉(zhuǎn)化載體148 15-3-2通過中間載體構(gòu)建Tag融合表達(dá)的遺傳轉(zhuǎn)化載體149 實(shí)驗(yàn)15-4多基因遺傳轉(zhuǎn)化表達(dá)載體構(gòu)建150 15-4-1融合基因表達(dá)法構(gòu)建多基因表達(dá)載體151 15-4-2利用普通限制性酶構(gòu)建多基因獨(dú)立表達(dá)載體152 15-4-3利用同尾酶構(gòu)建多基因獨(dú)立表達(dá)載體154 第16章組織特異表達(dá)載體構(gòu)建158 實(shí)驗(yàn)16-1組織特異性啟動(dòng)子與質(zhì)粒DNA的酶切及回收158 實(shí)驗(yàn)16-2組織特異性啟動(dòng)子與載體DNA的連接158 實(shí)驗(yàn)16-3根特異性表達(dá)載體構(gòu)建159 實(shí)驗(yàn)16-4種子特異性表達(dá)載體構(gòu)建160 第17章DNA重組及特異載體構(gòu)建新技術(shù)161 實(shí)驗(yàn)17-1DNA重組新技術(shù)161 17-1-1重組融合PCR法161 17-1-2USER酶克隆技術(shù)162 17-1-3輔助交配遺傳整合型克隆163 17-1-4無縫克隆技術(shù)163 17-1-5TALE技術(shù)165 17-1-6Gateway技術(shù)166 17-1-7TOPO克隆技術(shù)167 實(shí)驗(yàn)17-2特異載體構(gòu)建新技術(shù)168 17-2-1DNA共轉(zhuǎn)化及表達(dá)載體的正負(fù)向選擇克隆載體構(gòu)建168 17-2-2轉(zhuǎn)座子表達(dá)載體構(gòu)建168 17-2-3不依賴基因序列和連接反應(yīng)的克隆載體構(gòu)建169 17-2-4目的基因定位整合表達(dá)載體構(gòu)建170 第三篇主要參考文獻(xiàn)172 第四篇目的基因遺傳轉(zhuǎn)化技術(shù) 第18章根癌農(nóng)桿菌Ti質(zhì)粒介導(dǎo)轉(zhuǎn)化目的基因174 實(shí)驗(yàn)18-1整體植株及組織器官接種根癌農(nóng)桿菌誘發(fā)冠癭瘤174 18-1-1開放性整體植株誘發(fā)冠癭瘤174 18-1-2無菌整體植株誘發(fā)冠癭瘤174 18-1-3無菌外植體誘發(fā)冠癭瘤174 實(shí)驗(yàn)18-2冠癭瘤的離體培養(yǎng)及植株再生175 實(shí)驗(yàn)18-3農(nóng)桿菌葉盤法轉(zhuǎn)化175 18-3-1農(nóng)桿菌培養(yǎng)基菌液直接侵染法175 18-3-2植物組織培養(yǎng)基菌液間接侵染法176 18-3-3cpti基因葉盤法轉(zhuǎn)化甘藍(lán)176 實(shí)驗(yàn)18-4植物懸浮細(xì)胞與農(nóng)桿菌共培養(yǎng)轉(zhuǎn)化177 實(shí)驗(yàn)18-5植物原生質(zhì)體與農(nóng)桿菌共培養(yǎng)轉(zhuǎn)化178 第19章發(fā)根農(nóng)桿菌Ri及病毒質(zhì)粒介導(dǎo)轉(zhuǎn)化目的基因180 實(shí)驗(yàn)19-1發(fā)根農(nóng)桿菌整體植株接種及離體器官共培養(yǎng)誘發(fā)毛狀根180 實(shí)驗(yàn)19-2毛狀根的離體培養(yǎng)及植株再生180 實(shí)驗(yàn)19-3發(fā)根農(nóng)桿菌介導(dǎo)的目的基因轉(zhuǎn)化181 實(shí)驗(yàn)19-4病毒介導(dǎo)外源基因轉(zhuǎn)化182 19-4-1病毒接種法182 19-4-2農(nóng)感染型質(zhì)粒介導(dǎo)法(agroinfection)182 第20章直接導(dǎo)入法轉(zhuǎn)化目的基因183 實(shí)驗(yàn)20-1基因槍轉(zhuǎn)化外源基因183 實(shí)驗(yàn)20-2PEG介導(dǎo)基因轉(zhuǎn)化184 實(shí)驗(yàn)20-3電激誘導(dǎo)基因轉(zhuǎn)化185 實(shí)驗(yàn)20-4顯微注射導(dǎo)入外源基因186 實(shí)驗(yàn)20-5激光轉(zhuǎn)化外源基因186 實(shí)驗(yàn)20-6超聲波轉(zhuǎn)化外源基因187 20-6-1煙草葉片超聲波轉(zhuǎn)化187 20-6-2玉米幼胚愈傷組織超聲波轉(zhuǎn)化188 實(shí)驗(yàn)20-7脂質(zhì)體轉(zhuǎn)化外源基因188 20-7-1自制轉(zhuǎn)化脂法189 20-7-2使用商品轉(zhuǎn)化脂方法189 第21章種質(zhì)系統(tǒng)介導(dǎo)轉(zhuǎn)化目的基因191 實(shí)驗(yàn)21-1花粉粒媒體介導(dǎo)外源基因轉(zhuǎn)化191 21-1-1花粉粒與DNA混合授粉法191 21-1-2花粉培養(yǎng)法191 21-1-3柱頭切除法191 21-1-4花粉粒轉(zhuǎn)化法191 實(shí)驗(yàn)21-2子房注射導(dǎo)入外源基因192 實(shí)驗(yàn)21-3穗鞘腔浸泡導(dǎo)入外源基因192 實(shí)驗(yàn)21-4種子浸泡導(dǎo)入外源基因192 第22章遺傳轉(zhuǎn)化新技術(shù)194 實(shí)驗(yàn)22-1葉綠體基因轉(zhuǎn)化194 實(shí)驗(yàn)22-2基因敲除轉(zhuǎn)化195 22-2-1RNA干擾轉(zhuǎn)化195 22-2-2siRNA的設(shè)計(jì)及轉(zhuǎn)染真核細(xì)胞199 實(shí)驗(yàn)22-3基因編輯及其遺傳轉(zhuǎn)化技術(shù)201 22-3-1基因組定點(diǎn)編輯技術(shù)概述201 22-3-2CRISPR/Cas系統(tǒng)的作用機(jī)制202 22-3-3CRISPR/Cas系統(tǒng)的類型及其特性202 22-3-4CRISPR/Cas系統(tǒng)的基本操作程序203 22-3-5CRISPR/Cas系統(tǒng)的功能及其應(yīng)用204 22-3-6CRISPR/Cas的遺傳轉(zhuǎn)化系統(tǒng)及其實(shí)驗(yàn)205 第四篇主要參考文獻(xiàn)217 第五篇轉(zhuǎn)基因植物的檢測(cè)鑒定 第23章標(biāo)記基因及報(bào)告基因表達(dá)檢測(cè)220 實(shí)驗(yàn) 23-1冠癭堿檢測(cè)220 23-1-1胭脂堿、章魚堿檢測(cè)220 23-1-2農(nóng)桿堿、甘露堿檢測(cè)221 實(shí)驗(yàn)23-2 NPT-Ⅱ活性檢測(cè)221 23-2-1點(diǎn)漬法222 23-2-2紙層析法223 23-2-3非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳法223 實(shí)驗(yàn)23-3GUS活性檢測(cè)224 23-3-1組織化學(xué)染色法225 23-3-2熒光測(cè)定法225 23-3-3比色測(cè)定法228 實(shí)驗(yàn)23-4 Cat活性檢測(cè)228 23-4-1DTNB比色法228 23-4-2薄層層析法229 23-4-3試劑盒法230 實(shí)驗(yàn)23-5Pat 活性檢測(cè)231 23-5-1DTNB比色法231 23-5-2薄層層析法232 實(shí)驗(yàn)23-6Dhfr活性檢測(cè)232 實(shí)驗(yàn)23-7螢光素酶活性檢測(cè)232 23-7-1光自顯影定性檢測(cè)233 23-7-2光分析定量檢測(cè)233 第24章外源基因整合及其特性的檢測(cè)鑒定235 實(shí)驗(yàn)24-1轉(zhuǎn)基因植物的Southern雜交檢測(cè)235 24-1-1用作探針的核酸片段的制備235 24-1-232P同位素標(biāo)記探針的制備、純化及效率檢測(cè)235 24-1-3生物素標(biāo)記探針的制備、純化及效率檢測(cè)238 24-1-4地高辛標(biāo)記探針的制備、純化及效率檢測(cè)239 24-1-5植物基因組DNA的大量提取及純化240 24-1-6植物基因組DNA 的限制性酶切及純化241 24-1-7酶切產(chǎn)物的電泳及轉(zhuǎn)移用膜和凝膠的準(zhǔn)備241 24-1-8轉(zhuǎn)膜及固定242 24-1-9探針雜交及信號(hào)檢測(cè)242 實(shí)驗(yàn)24-2外源基因整合的PCR-Southern雜交檢測(cè)243 實(shí)驗(yàn)24-3外源基因整合的拷貝數(shù)檢測(cè)243 24-3-1利用Southern blot檢測(cè)轉(zhuǎn)基因植物中外源基因的拷貝數(shù)243 24-3-2利用real-time PCR檢測(cè)轉(zhuǎn)基因植物中外源基因的拷貝數(shù)244 24-3-3利用原位雜交檢測(cè)轉(zhuǎn)基因植物中外源基因的拷貝數(shù)245 實(shí)驗(yàn)24-4外源基因整合位點(diǎn)檢測(cè)246 24-4-1反向PCR檢測(cè)外源基因整合位點(diǎn)246 24-4-2交錯(cuò)式熱不對(duì)稱PCR檢測(cè)外源基因整合位點(diǎn)247 第25章外源基因表達(dá)的檢測(cè)鑒定 249 實(shí)驗(yàn)25-1外源基因表達(dá)的Northern雜交檢測(cè)249 25-1-1植物總RNA提取249 25-1-2雜交探針制備249 25-1-3Northern雜交250 實(shí)驗(yàn)25-2外源基因表達(dá)的RT-PCR檢測(cè)251 實(shí)驗(yàn)25-3外源基因表達(dá)的mRNA原位雜交251 實(shí)驗(yàn)25-4外源基因表達(dá)的ELISA檢測(cè)253 實(shí)驗(yàn)25-5外源基因表達(dá)的Western雜交檢測(cè)254 第26章轉(zhuǎn)基因植物檢測(cè)新技術(shù)256 實(shí)驗(yàn)26-1生物傳感器256 26-1-1表面等離子共振生物傳感器256 26-1-2壓電式晶體管生物傳感器258 26-1-3電化學(xué)發(fā)光PCR方法260 實(shí)驗(yàn)26-2側(cè)向流動(dòng)型免疫檢測(cè)261 實(shí)驗(yàn)26-3轉(zhuǎn)基因植物表達(dá)產(chǎn)物色譜檢測(cè)263 實(shí)驗(yàn)26-4轉(zhuǎn)基因植物毛細(xì)管電泳檢測(cè)263 第五篇主要參考文獻(xiàn)265 第六篇轉(zhuǎn)基因植物的生物學(xué)特性及表觀遺傳學(xué)檢測(cè) 第27章轉(zhuǎn)基因植物的遺傳特性檢測(cè)268 實(shí)驗(yàn)27-1轉(zhuǎn)基因植物的(非)孟德爾遺傳規(guī)律檢測(cè)268 實(shí)驗(yàn)27-2轉(zhuǎn)基因植物的純(嵌)合性檢測(cè)268 實(shí)驗(yàn)27-3轉(zhuǎn)基因植物的遺傳穩(wěn)定性檢測(cè)269 第28章轉(zhuǎn)基因植物目的性狀檢測(cè)及其生理生化指標(biāo)分析271 實(shí)驗(yàn)28-1轉(zhuǎn)基因植物目的性狀及其變異檢測(cè)271 28-1-1轉(zhuǎn)基因植物目的性狀檢測(cè)271 28-1-2轉(zhuǎn)基因植物變異性狀檢測(cè)272 實(shí)驗(yàn)28-2抗逆轉(zhuǎn)基因植物目的性狀的生理指標(biāo)分析273 28-2-1葉片相對(duì)含水量(RWC)測(cè)定273 28-2-2葉片相對(duì)電導(dǎo)率測(cè)定274 28-2-3葉綠素含量測(cè)定274 28-2-4凈光合速率(Pn)、蒸騰速率(Tr)及水分利用效率測(cè)定(WUE)274 實(shí)驗(yàn)28-3抗逆轉(zhuǎn)基因植物生化指標(biāo)檢測(cè)與分析275 28-3-1可溶性蛋白含量測(cè)定275 28-3-2游離脯氨酸含量測(cè)定276 28-3-3脫落酸(ABA)含量測(cè)定276 28-3-4丙二醛(MDA)含量測(cè)定277 28-3-5植物逆境保護(hù)酶(SOD、CAT、POD)活性測(cè)定278 實(shí)驗(yàn)28-4抗逆轉(zhuǎn)基因植物目標(biāo)性狀鑒定與評(píng)價(jià)280 28-4-1轉(zhuǎn)基因植物的抗旱性鑒定280 28-4-2轉(zhuǎn)基因植物的耐鹽性鑒定281 28-4-3轉(zhuǎn)基因植物耐寒性鑒定282 28-4-4轉(zhuǎn)基因植物耐熱性鑒定284 第29章轉(zhuǎn)基因植物的遺傳多樣性檢測(cè)285 實(shí)驗(yàn)29-1轉(zhuǎn)基因植物的RFLP檢測(cè)285 實(shí)驗(yàn)29-2轉(zhuǎn)基因植物的RAPD檢測(cè)286 實(shí)驗(yàn)29-3轉(zhuǎn)基因植物的SSR檢測(cè)287 第30章轉(zhuǎn)基因植物的表觀遺傳學(xué)檢測(cè)289 實(shí)驗(yàn)30-1轉(zhuǎn)基因植物染色質(zhì)的免疫沉淀實(shí)驗(yàn)289 實(shí)驗(yàn)30-2轉(zhuǎn)基因植物的甲基化敏感擴(kuò)增多態(tài)性(MSAP)290 實(shí)驗(yàn)30-3轉(zhuǎn)基因植物DNA甲基化改變的變性梯度膠電泳檢測(cè)291 第六篇主要參考文獻(xiàn)293 第七篇生物信息學(xué)技術(shù)在植物基因工程中的應(yīng)用 第31章基因分離克隆中的生物信息學(xué)技術(shù)296 實(shí)驗(yàn)31-1基因PCR引物設(shè)計(jì)及評(píng)價(jià)296 實(shí)驗(yàn)31-2基因電子克隆中的BLAST比對(duì)搜索299 實(shí)驗(yàn)31-3基因電子延伸中的序列拼接組裝303 31-3-1使用CAP3進(jìn)行序列拼接組裝303 31-3-2使用DNAMAN進(jìn)行序列拼接組裝303 第32章基因結(jié)構(gòu)和功能分析中的生物信息學(xué)技術(shù)307 實(shí)驗(yàn)32-1基因多序列比對(duì)分析307 實(shí)驗(yàn)32-2基因的分子進(jìn)化分析307 實(shí)驗(yàn)32-3基因的完整性分析310 實(shí)驗(yàn)32-4基因中motif的識(shí)別與分析313 第33章基因表達(dá)分析中的生物信息學(xué)技術(shù)316 實(shí)驗(yàn)33-1基因表達(dá)倉庫(GEO)中數(shù)據(jù)的獲得316 實(shí)驗(yàn)33-2差異表達(dá)基因的篩選316 實(shí)驗(yàn)33-3差異表達(dá)基因的聚類分析321 第34章蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能分析中的生物信息學(xué)技術(shù)324 實(shí)驗(yàn)34-1蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能數(shù)據(jù)庫檢索324 實(shí)驗(yàn)34-2蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)325 實(shí)驗(yàn)34-3蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)327 第七篇主要參考文獻(xiàn)330 第八篇轉(zhuǎn)基因植物的安全性評(píng)價(jià)檢測(cè) 第35章轉(zhuǎn)基因植物的環(huán)境安全性評(píng)價(jià)332 實(shí)驗(yàn)35-1轉(zhuǎn)基因植物的生存競爭性實(shí)驗(yàn)332 實(shí)驗(yàn)35-2轉(zhuǎn)基因植物的雜草性實(shí)驗(yàn)332 實(shí)驗(yàn)35-3轉(zhuǎn)基因植物對(duì)靶標(biāo)生物的影響333 實(shí)驗(yàn)35-4轉(zhuǎn)基因植物基因飄流檢測(cè)334 第36章轉(zhuǎn)基因植物對(duì)土壤微生物群落的影響335 實(shí)驗(yàn)36-1轉(zhuǎn)基因植物對(duì)根圈細(xì)菌種群生態(tài)的影響335 36-1-1稀釋平板計(jì)數(shù)法335 36-1-2Biolog ECO 平板法335 實(shí)驗(yàn)36-2轉(zhuǎn)基因植物對(duì)土壤微生物群落多樣性的影響336 實(shí)驗(yàn)36-3轉(zhuǎn)基因植物外源基因在土壤微生物中漂移檢測(cè)337 第37章轉(zhuǎn)基因植物的營養(yǎng)學(xué)及過敏性檢測(cè)338 實(shí)驗(yàn)37-1轉(zhuǎn)基因植物的營養(yǎng)學(xué)檢測(cè)338 37-1-1轉(zhuǎn)基因大豆油成分分析檢測(cè)338 37-1-2轉(zhuǎn)基因玉米胰蛋白酶抑制劑抗?fàn)I養(yǎng)因子的安全性分析339 實(shí)驗(yàn)37-2轉(zhuǎn)基因植物表達(dá)蛋白的模擬胃腸道消化檢測(cè)340 實(shí)驗(yàn)37-3轉(zhuǎn)基因植物中外源蛋白的過敏性分析343 第38章轉(zhuǎn)基因植物的毒理學(xué)檢測(cè)345 實(shí)驗(yàn)38-1轉(zhuǎn)基因植物的急性毒性試驗(yàn)345 實(shí)驗(yàn)38-2轉(zhuǎn)基因植物的慢性毒性試驗(yàn)345 實(shí)驗(yàn)38-3轉(zhuǎn)基因植物的細(xì)胞毒性試驗(yàn)347 第八篇主要參考文獻(xiàn)348 中英文名詞縮寫對(duì)照349 附錄 附錄1主要溶液及緩沖液的配制352 1-1質(zhì)粒提取試劑352 1-2DNA提取溶液352 1-3電泳溶液352 1-4酵母轉(zhuǎn)化試劑352 1-5分子雜交試劑352 1-6蛋白質(zhì)電泳試劑353 1-7磷酸鹽緩沖液353 1-8Tris-HCl緩沖液354 附錄2常用培養(yǎng)基的配制354 2-1大腸桿菌LB培養(yǎng)基354 2-2藍(lán)白斑篩選培養(yǎng)基354 2-3酵母YPD培養(yǎng)基354 2-4酵母SC-U基本培養(yǎng)基354 2-5酵母SC-U誘導(dǎo)培養(yǎng)基354 2-6農(nóng)桿菌培養(yǎng)基354 附錄3常用抗生素的配制及使用濃度355 3-1卡那霉素355 3-2氨芐西林355 3-3潮霉素355 3-4頭孢菌素類355 附錄4常用相對(duì)分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)355 附錄5常用的測(cè)量單位及摩爾數(shù)與重量間的換算356 5-1常用的測(cè)量單位356 5-2摩爾數(shù)與重量間的換算356 附錄6DNA片段分子質(zhì)量及其量與質(zhì)量的換算356 附錄7凝膠濃度的有效分離范圍357 7-1不同濃度瓊脂糖凝膠的分離范圍357 7-2不同濃度SDS-PAGE膠的分離范圍357 附錄8轉(zhuǎn)基因植物主要目的基因、表達(dá)蛋白和目的性狀357 8-1目的性狀為抗病菌類基因357 8-2目的性狀為抗蟲類基因357 8-3目的性狀為抗除草劑類基因357 8-4目的性狀為品質(zhì)改良類基因357 8-5目的性狀為抗旱類基因358 8-6目的性狀為抗鹽堿類基因358 8-7目的性狀為抗低溫類基因358 8-8目的性狀為養(yǎng)分高效利用類基因358 8-9目的性狀為次生代謝類基因358 8-10目的性狀為生物反應(yīng)器類基因358 8-11目的性狀為雄性不育類基因358 8-12目的性狀為篩選類基因358 附錄9植物基因組大小及拷貝數(shù)計(jì)算方法358 9-1基因DNA定量測(cè)定358 9-2常見植物的基因組大小和質(zhì)量358 附錄10我國轉(zhuǎn)基因生物安全管理法規(guī)360 10-1我國轉(zhuǎn)基因生物安全管理機(jī)構(gòu)360 10-2我國轉(zhuǎn)基因生物安全管理法規(guī)360 附錄11植物基因工程實(shí)驗(yàn)守則360 附錄12植物基因工程實(shí)驗(yàn)報(bào)告的基本內(nèi)容和要求361
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